بهترین زمان مصرف کودهای میکرو بستگی به نوع کود و نیازهای گیاهان مختلف دارد توصیه می‌شود قبل از نمایان شدن کمبود عناصر بر روی رشد و ظاهر گیاه با توجه به آزمون خاک و برگ این کمبود برطرف گردد. در صورت رفع نشدن کمبود هر کدام از این عناصر میکرو، علایم ظاهری متفاوتی بر روی برگ، میوه و رشد گیاه مشاهده می‌شود که با مشاهده و شناسایی این علایم ظاهری باید کود میکرو مورد نیاز گیاه را استفاده نمود. در ابتدا باید در مورد علائم ظاهری کمبود هر کدام از عناصر میکرو مانند آهن، روی، منگنز، مس و بور در گیاهان توضیح بدهیم و سپس مقدار مورد نیاز برای مصرف آنها را شرح می دهیم:

1. کمبود آهن (Fe):
ابتدا قسمت ‌های جوان ‌تر و نوک برگ‌ ها زرد می‌ شوند (کلروز).
رگبرگ‌ ها سبز باقی می ‌مانند اما بین آن‌ها زرد می ‌شود.
در مراحل پیشرفته، کل برگ به رنگ زرد درمی ‌آید.
در گیاهان علفی، رشد ضعیف و ظاهر نحیف دارند.

2. کمبود روی (Zn):
برگ ‌ها کوچک و ضعیف می ‌شوند.
نوک و لبه ‌های برگ دچار کلروز می گردند.
رشد ضعیف، تنک شدن تاج و شاخه‌ ها مشاهده می ‌شود.

3. کمبود منگنز (M):
برگ ‌های جوان دچار کلروز بین رگبرگ ‌ها می ‌شوند.
در مراحل پیشرفته، کل برگ به رنگ زرد درمی ‌آید.
رگبرگ ‌ها سبز باقی می ‌مانند اما بین آن‌ها زرد می ‌شود.
در گیاهان بوته ‌ای، انتهای شاخه‌ ها به رنگ قهوه ‌ای درمی ‌آید.